Ada beberapa cara untuk membudidayakan tanaman bonsai, salah satunya budidaya bonsai dari biji. Biji bonsai dapat di beli secara langsung ditoko terdekat maupun online.
Budidaya bonsai dari biji merupakan cara yang sangat lambat dan lama, namun mempunyai tingkat keberhasilan yang tinggi dan kemungkinan nanti hasil yang akan didapat tanaman bonsai yang berkualitas tinggi.
Sebelum disemai, biji diseleksi terlebih dahulu. Pilih biji yang masih utuh dan bentuknya normal. Rendam biji yang sudah dipilih dalam air, buang biji yang mengambang, setelah itu semai pada media tanam yang sudah tersedia berupa campuran pasir, tanah dan kompos dengan perbandingan sama. Untuk tanaman konifer seperti pinus atau cemara media tanam berupa pasir dengan dicampur pupuk 20%. Tebarkan biji, lalu tutupi lagi dengan media tanam setebal 1 sampai 3 mm. Jaga kelembapannya dengan memberikan nauangan dan siramilah secara teratur setiap pagi pukul 06.00 serta sore pukul 04.00. Biji yang telah bertunas dapat dipindahkan ke polibag, dan setelah agak besar dapat dipindahkan ke pot besar.