Bonsai biasanya ditanam di dalam pot dan letak atau posisi bonsai di dalam pot juga berbeda-beda tergantung dari bentuk/gaya bonsai. Penampilan yang sempurna dari bonsai dipengaruhi oleh letak bonsai dalam pot yang digunakan. Tidak selalu posisi bonsai yang baik terletak di tengah-tengah pot. Untuk gaya-gaya tertentu, posisi bonsai terutama pangkal batang dan daerah perakaran bisa saja terletak di sebelah kiri atau kanan. Bahkan dapat terletak dibagian pinggiran pot. Pengaturan akan lebih rumit untuk gaya bonsai yang berkelompok.
Pot yang dangkal biasanya digunakan hampir untuk semua gaya bonsai kecuali untuk bonsai bergaya menggantung karena untuk gaya ini diperlukan pot yang dalam. Selain itu, batu berongga yang bentuk dan ukurannya cocok pada bonsai dapat juga digunakan sebagai pot. Pot atau batu berongga tersebut harus mempunyai lubang yang cukup besar di dasarnya agar air siraman yang berlebihan dapat mengalir ke luar. Ukuran, bentuk dan warna pot sebaiknya diserasikan dengan ukuran, bentuk dan warna bonsai terutaman warna daun, bunga dan buah.
Pot yang berbetuk bujur sangkar, bundar, segi delapan dan sejenisnya biasanya bonsai diletakkan di tengah-tengah pot. Bonsai yang diletakkan di tengah-tengah pot lebih cocok untuk bonsai gaya tegak lurus dan tegak berliku , menggantung, atau setengah menggantung.
Pot yang berbetuk empat persegi panjang, lonjong, atau oval serta bentuk-bentuk pot yang memanjang biasanya bonsai diletakkan pada jarak sekitar sepertiga dari sisi pot. Hal ini bisa sebelah kiri atau sebelah kanan. Kedudukannya tidak terlalu pas di garis tengah pot melainkan sedikit di belakangnya. Penempatan seperti ini cocok untuk bonsai gaya tegak, miring, menggantung, setengah menggantung dan berkelompok.
Kadang-kadang hal di atas tidak dapat dijadikan patokan. Sebagai seni yang hidup, maka keadaan tanaman bonsai juga mesti diperhatikan terutama arah pertumbuhan bonsai tersebut. Keserasian arah pertumbuhan; komposisi kiri dan kanan, bagian depan dan belakang; serta pertimbangan tiga dimensi lainnya perlu juga diikuti.
Beberapa hal yang perlu dipertimbangkan dalam penempatan bonsai dalam pot yaitu sebagai berikut:
1. Pada bonsai bergaya tegak atau miring tetapi memiliki dahan yang lebih berat ke kanan, maka bonsai ditanam di sebelah kiri pot.
Gambar 1 Posisi bonsai ditanam di sebelah kiri pot
2. Kebalikannya, pada bonsai bergaya tegak atau miring tetapi memiliki dahan yang berat ke kiri, maka pohon ditanam di sebelah kanan pot.
Gambar 2 Posisi bonsai ditanam di sebelah kanan pot
3. Pada bonsai yang lebih berat ke kanan tetapi memiliki dahan utama yang lebih dominan menjorok ke kiri, maka yang dijadikan patokan adalah dahan yang lebih dominan sehingga bonsai ditanam di sebelah kanan. Hal ini juga berlaku sebaliknya seperti contoh 1 dan 2.
Gambar 3 Posisi bonsai ditanam di sebelah kanan pot
