Bonsai termasuk jenis tanaman yang bisa saja terserang hama, kita harus sesering mungkin memantau keadaan tanaman, penggunaan bahan kimia untuk menanggulinya haruslah sesuai dosis yang diajurkan lebih baik lagi mengurangi dosisnya, karena dosis yang berlebihan akan berbahaya bagi tanaman, lingkungan juga manusia. Berikut cara-cara untuk pemberantasan hama bonsai :
- Apabila terdapat serangga atau ulat yang menempel pada daun, pangkas dan buang jauh-jauh daun tersebut.
- Lumut dan jamur yang menempel pada pada batang bonsai bisa disikat saja.
- Pemberantasan tunga dapat menggunakan akarisida, contohnya agrotion atau kalthane.
- Nematon bisa diberantas dengan furadan.
- Insektisida tabur curater bisa memberantas semut dan uret.
- Kutu pucuk yang biasa bersembunyi dibawah daun sebaiknya dimatikan dan buang daunnya.