Bonsai sangat rentan terhadap serangan hama dan penyakit terutama apabila bonsai tidak dirawat dengan baik. Hidup bonsai yang sangat terbatas pada pot kecil serta tindakan pengerdilan pada bonsai membuat bonsai lebih rentan terserang hama dan penyakit dibandingkan dengan bakalan bonsai yang hidup di alam bebas atau di hutan dengan ukuran yang besar. Keberadaan hama dan penyakit pada bonsai tentunya dapat mengurangi keindahan dari bonsai tersebut. Adapun tindakan pencegahan dan pengendalian bonsai dari hama dan penyakit adalah sebagai berikut :
1. Pembersihan secara teratur
Upaya yang paling efektif untuk mencegah bonsai dari serangan hama dan penyakit yaitu pembersihan secara teratur pada bonsai agar menghindari dari kondisi yang menguntungkan bagi hama dan penyakit untuk tumbuh. Setelah melakukan pemangkasan pada bonsai, pastikan bahwa tanah di sekitar pangkal batang bebas dari daun, sisa reruntuhan serta tanaman lain (Gambar 1a). Jika tidak, sisa reruntuhan tersebut akan membusuk dan menciptakan kondisi yang menguntungkan untuk munculnya penyakit jamur atau lumut yang dapat mengakibatkan kebusukan pada akar sehingga dapat menyebabkan kematian pada pohon bonsai. Lumut yang tumbuh pada bagian batang bonsai harus dibersihkan dengan menggunakan sikat gigi yang bulunya dari nilon (Gambar 1b).
Gambar 1 Membersihkan tanah di sekitar pangkal batang bonsai dari daun, sisa reruntuhan serta tanaman lain (kiri); Membersihkan lumut yang tumbuh pada batang bonsai (kanan)
Rumput atau gulma di sekitar pangkal pohon bonsai juga harus dibersihkan karena selain dapat menjadi resiko terserang hama dan penyakit juga dapat mengambil nutrisi pada tanah sehingga dapat mengurangi nutrisi untuk bonsai. Selalu periksa dengan teliti keadaan bonsai terutama bagian daun (daun bagian bawah) dan batang (kulit batang) dari serangan hama yang mungkin dapat menyerang.
2. Menjaga agar bonsai tumbuh baik dan sehat
Tindakan pencegahan bonsai dari serangan hama dan penyakit yaitu dengan menjaga agar bonsai tumbuh baik dan sehat karena hama (serangga) dan bakteri cenderung menyerang bonsai yang lemah dan tumbuh tidak baik.
3. Bonsai cukup mendapatkan cahaya, udara segar dan ventilasi
Bakalan bonsai yang berasal dari hutan harus hidup di luar ruangan dan hanya dapat hidup di dalam ruangan untuk waktu yang singkat (dua atau tiga jam). Bonsai membutuhkan cahaya matahari yang cukup, udara dan ventilasi yang baik. Hindari bonsai dari suhu, cahaya dan hujan yang ekstrim.
4. Pemupukan dan penyiraman
Bonsai perlu dipupuk agar dapat tumbuh dengan baik dan sehat serta dapat hidup sampai puluhan bahkan ratusan tahun. Bonsai yang tumbuh dengan baik dan sehat tentunya dapat mencegah dari serangan hama dan penyakit. Sebaiknya bonsai juga disiram setiap hari secara teratur dan hindari menyiram bonsai terlalu berlebihan serta air siraman harus dipastikan mengalir keluar dari lubang di dasar pot. Tersumbatnya lubang yang ada di dasar pot dapat menyebabkan pembusukan pada akar dan menyebabkan kematian pada bonsai.
5. Pemberian insektisida
Anda juga dapat menyemprotkan insektisida yang tidak berbahya bagi manusia maupun hewan pada bonsai. Penyemprotan insektisida mungkin diperlukan lebih dari satu kali untuk mencegah dari serangan serangga. Untuk pencegahan, sebaiknya penyemprotan insektisida dilakukan setiap minggu.
Apabila bonsai anda terserang hama (serangga) yang berbahaya maka anda harus mengambil tindakan sesegera mungkin. Kebanyakan serangga yang dapat dilihat dengan mata dapat segera dicuci atau disingkirkan dari bonsai, tetapi untuk serangga yang sangat kecil dan sulit dilihat oleh mata kadang-kadang pemilik bonsai banyak yang tidak mengetahuinya. Bonsai yang terserang hama dan penyakit dapat segera diberikan insektisida.
Selain itu, bonsai yang terserang serangga dan larvanya perlu juga untuk mengikis kulit yang terlepas dari pohon yang sudah tua. Kulit dari pohon bonsai dapat ditempati oleh hama (serangga) berupa serangga dewasa maupun telur dan larvanya sehingga diperlukan pengikisan pada kulit pohon bonsai dengan spatula secara hati-hati. Apabila anda menemukan kayu yang mati di bagian lengkungan salah satu cabang atau dalam lubang atau rongga, maka harus disingkirkan dengan menggunakan scalpel (seperti pada teknik jin). Pemotongan ke arah bagian kayu yang hidup harus dilindungi dengan damar (mastic) untuk membantu penyembuhan kayu. Hal ini merupakan satu-satunya cara untuk mencegah penyebaran dari bagian yang busuk akibat hama dan penyakit.
Gambar 2 Pengikisan pada kulit pohon bonsai dengan spatula secara hati-hati