Agar terlihat kerdil dan serasi, semua bagian bakalan bonsai perlu dipangkas. Cara pemangkasan daun-cabang-akar bakalan bonsai sangat perlu di perhatikan.Pertumbuhan bakalan yang tinggi dan besar dengan tajuk yang melebar akan menghilangkan kesan kerdil. Karena itu, perlu dihindari. Pemangkasan atau pengurangan daun akan membantu mengurangi pertumbuhan. Apalagi bila ditambah dengan pemangkasan batang/cabang dan akar yang sesuai proporsi.
Tanaman sehat tahan pemangkasan. Karena itu, sedapat mungkin pemangkasan dilakukan pada tanaman yang kondisi pertumbuhannya baik. Tanaman yang lemah akan semakin menderita bila dipangkas. Bahkan, pemangkasan berat tanpa penanganan yang tepat sangat berbahaya karena bisa menimbulkan kematian.
Pemangkasan daun
Daun yang terlalu rimbun dapat dikurangi dengan pemangkasan. Dengan pemangkasan ukuran daun bisa menjadi lebih kecil dan tunas-tunas atau daun baru akan tumbuh lebih segar. Pada saat penggantian pot proses ini juga membantu mengurangi stres tanaman.
Sewaktu memangkas jangan menyisakan bagian daun di ujung pangkasan, entah itu daun tua atau muda. Daun di ujung pangkasan ini akan tumbuh besar dan menghambat tumbuhnya tunas baru karena lebih dominan mengambil unsur hara.
Pemangkasan cabang
Agar penampilan bonsai menarik, cabang serta ranting perlu juga dipangkas. Peranana cabang cukup vital terhadapa keseimbangan bentuk bonsai. Pemangkasan cabang dikenal dengan istilah pemangkasan bentuk. Ranting juga berperan penting karena tanpa ranting nilai bonsai akan tergolong rendah.
Kriteria cabang yang baik adalah ukurannya semakin mengecil ke bagian ujung. Cabang yang sama besar ukurannya mulai dari pangkal sampai ke ujung bernilai jelek. Selain itu, cabang yang terletak di sebelah bawah harus lebih besar dari cabang di atasnya. Kriteria ini juga berlaku untuk ranting.
Cabang serta ranting yang tidak memenuhi kriteria tersebut dapat diakali dengan memangkasnya sebagian, sedikit di depan ranting atau tunas. Ranting terdekat dengn cabang dililit dengan kawat. Arah tumbuh ranting tersebut dibuat seolah-olah ujung dari cabang. Pada ranting yang muda harus ditunggu sampai tunasnya cukup besar dan kuat.
