Pupuk yang aman digunakan adalah pupuk organik. Bakalan bonsai yang berukuran cukup besar dapat diberi kompos tiga tahun sekali. Pupuk anorganik yang daya ketersediaan hanya lambat juga ideal digunakan untuk bakalan bonsai.
Pupuk seperti ini aman karena tidak melepas kandungan haranya sekaligus sehingga tidak memungkinkan tanaman terbakar karena kebanyak pupuk. Beberapa merek dagang yang tersedia di pasaran sebagai pupuk slow release antara lain Hyponex Dekastar, dan Dekaform. Untuk mengetahui Cara Pemupukan Tanaman Bonsai silahkan tonton video di atas.
